Das Chorhaupt ist gotisch, das Langhaus wurde um 1700 erbaut. Die Kirche hat drei Joche mit Polygonschluss. Das Kirchenschiff ist mit einer Tonne mit Stichkappen überwölbt und durch Rundbogenfenster belichtet. Der Turm wurde im 19. Jahrhundert verändert; die Barockzwiebel durch eine Spitzform ersetzt.
Der Altar aus der Zeit um 1720 besitzt zwei gedrehte Säulen und Akanthusdekoration. Ein ehemaliges Altarbild (19. Jahrhundert) hängt an der Rückwand des Altares. Im Altaraufbau sieht man die Statue Hl. Magdalena (um 1480), im Aufzug Gott Vater. Seitlich stehen auf Postamenten die Heiligen Petrus und Paulus. An der Rückwand der Apsis sieht man den Hl. Wolfgang (rechts) und den Hl. Ulrich (links), die ursprünglich, bis Mitte 20. Jahrhundert, in der Dorfkapelle Stauffendorf waren. Seitenaltäre wurden im Zuge einer Renovierung beseitigt, um mehr Platz für die Schulkinder zu gewinnen. Einer der beiden Seitenaltäre diente zur Ausstattung der Marienkapelle in Fehmbach. Alle Altäre kamen Mitte des 19. Jahrhunderts aus der St.-Jakobs-Kirche in Plattling.
Zwei Glocken: 1. gegossen 1626, Georg Degner, Straubing; 2. gegossen 1950, Joh. Hahn, Landshut. Die erste Glocke ist im Bereich der Pfarrkirchenstiftung Michaelsbuch die älteste.
Steinkirchen ist die Heimat der Gründerinnen des deutschen Kapuzinerinnenklosters in Assisi. Die Müllerstöchter Margaretha, Maria, Regina und Walburga Schichtl wanderten 1720 auf Weisung des Hl. Erzengels Michael, des Patrons der Pfarrkirche in Michaelsbuch, nach Italien. Papst Clemens XI. erteilte die Erlaubnis zur Gründung. Das Kloster besteht noch heute und ist vielen deutschen Pilgern bekannt als das Kloster »Santa Croce«.
